1.抗击重茬防止连作：菌群中的米曲菌、地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等有益微生物能加速有机物质的分解，防止重茬。
2.形成根系“保护罩”：菌群中的地衣芽孢杆菌等有益微生物施入土壤后，迅速繁殖成为优势菌群，使重茬、根腐、立枯、流胶、灰霉等病原菌丧失生存空间和条件，形成阻止病原菌侵袭的“保护罩”。
3.活土透气改良土壤：丰富的有机质还可以改良土壤物理性状，改善土壤团粒结构，有利于保水、保肥、通气和促进根系发育。
4.菌群抑菌活性增加：菌群中的巨大芽孢杆菌、胶冻样芽孢杆菌等有益微生物在代谢过程中产生大量的植物内源酶，提高作物对氮、磷、钾等的吸收率。
5.促新根护老根：菌群中的胶冻样芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等有益菌可促进作物根系生长，须根增多。
6.增加抗逆抵抗细菌侵染：菌群中的地衣芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌等有益微生物可增强土壤缓冲能力，保水保湿。
7.产生刺激作物生长的生物激素：菌肥中的微生物在土壤内，会产生大量的赤霉素和细胞激素类等物质，从而使作物产生增产效果。
8.提高果实品质增产提质：菌群中的侧孢芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌等可降低植物体内硝酸盐含量20%以上。
